Entre as décadas de 1940 e 1960 ocorreu uma grande onda de ocupações na região de Manguinhos, que deram origem às favelas Varginha, Parque João Goulart, Vila Turismo, CHP2. Há muitas diferenças entre elas, mas também muitas semelhanças: Elas são resultado de diversos processos, entre eles a remoção de outras favelas da cidade, a instalação de indústrias no entorno, assim como a construção da Av. Brasil e da Cidade Universitária. Muitas pessoas que vieram para Manguinhos, foram removidas de outras áreas, ou vindas de outros estados, se apoiaram naquelas favelas para estar próximas aos postos de trabalho. É dessa época a construção do Conjunto dos Ex Combatentes, construído para soldados que lutaram na II Guerra Mundial e seus familiares.
Com o PAC, áreas que até então eram vistas como próximas de Manguinhos, como o CCPL e DSUP (hoje chamada de Predinhos, abrigam a Biblioteca Parque Manguinhos) foram incorporadas como Complexo de Manguinhos, para serem atendidas pelos programas sociais do PAC. O bairro de Manguinhos é: CHP2, Conjunto habitacional Nelson Mandela, Parque João Goulart, Vila Turismo, Parque Carlos Chagas (Varginha), Mandela de Pedra, Nova Embratel, Samora Machel, Parque Oswaldo Cruz (Amorim) e Conab (Vitória de Manguinhos). O complexo inclui mais quatros comunidades: CCPL, Vila União, Vila São Pedro e Comunidade agrícola de Higienópolis.